La desfragmentación no compromete tus programas y archivos por lo que no tengas temor a la hora de utilizar este proceso, ya que no vas a perder ningún dato.
En realidad, al desfragmentar un disco, lo que estás haciendo es reordenar todos los paquetes de archivos de forma interna, de modo que el rendimiento posterior del ordenador mejora, ya que optimiza esta ordenación y por tanto la velocidad de acceso a los mismos.
Un saludo!