Hola , Desconecta el usb ,ves a panel de control y en administrador de dispositivos elimina el controlador del usb que quieras formatear (Busca en dispositivos usb y elimina el que corresponda a la marca del usb) , luego conecta el usb y se instalara el controlador, entonces intenta formatearlo otra vez desde el mismo windows , tambien puedes probar el programa hdd low level format tool , saludos.