Va a depender del tipo de virus, la gran mayoría se puede eliminar perfectamente con algunas técnicas de limpieza, pero hay ciertos virus que infectan los archivos del sistema corrompiendolos y en estos casos no hay mucho que se pueda hacer a menos que tengas una copia de seguridad que puedas restaurar de ellos. Si no la tienes no queda más que Reparar Windows o finalmente salvar lo que más puedas y formatear.